La mort dʼArago en 1853 libère le poste tant convoité de directeur de lʼObservatoire. En séparant lʼObservatoire de la tutelle du Bureau des Longitudes, le décret du 30 janvier 1854 confère à Le Verrier des pouvoirs très étendus.
« Le directeur dirige seul les observations, leurs réductions, leur publication, et généralement tous les travaux scientifiques qui sʼexécutent à l'Observatoire. Il rédige les règlements qui concernent le service des astronomes, des astronomes-adjoints et des élèves astronomes ; il les soumet à l'approbation du ministre. Il a tout le matériel de lʼObservatoire à sa disposition... »
Ce décret déclenche une guerre sans merci entre Le Verrier et le Bureau des Longitudes, dirigé alors par Charles Delaunay. Il marque également une date importante dans lʼhistoire de l'astronomie française, car cʼest lui qui régira le fonctionnement des deux institutions et des observatoires de province pendant plus dʼun siècle.